１９４０年１２月、関東軍司令官梅津美治郎大将は天皇の軍令によって、
牡丹江、林口、孫呉、ハイラルに731部隊の支部建設を指示しました。
東条陸軍大臣は各支部の定員を３００人とするという天皇の軍令に署名しています。
その後大連にも支部が出来たようです。
そして支部は第７３１部隊と同じに秘匿名として数字で呼ばれました。
さらに関東軍の各部隊にもそれぞれ所属していました。
牡丹江支部 満州第６４３部隊、 関東軍では延吉第３軍所属
林口支部 満州第１６２部隊 、関東軍では東安第５軍所属
孫呉支部 満州第９７３部隊 、関東軍では北安第４軍所属
ハイラル(海拉爾)支部 満州第５４３部隊 、関東軍ではハイラル第６軍所属
大連支部 満州第３１９部隊
１９４５年６月、７３１部隊の秘匿名が変更されました。
関東軍防疫給水部全体 満州第２５２０１部隊
ハルビン本部 満州第２５２０２部隊
牡丹江支部 満州第２５２０３部隊
林口支部 満州第２５２０４部隊
孫呉支部 満州第２５２０５部隊
ハイラル支部 満州第２５２０６部隊